پس از کشته شدن مختار توسط لشکر «مصعب بن زبیر»، پیکر او در دیوار قصر الاماره نزدیک مسجد کوفه مدفون شد. با وجود اینکه امویان و زبیریان پس از مرگ مختار، تهمت ها و دروغ های فراوانی را به او نسبت دادند، با این حال به نظر مزار مختار جزء مشاهد متبرکه شیعیان بوده است.
«ابن بطوطه» سیاح مشهور عرب در قرن هفتم در سفرنامه اش به بارگاه مختار اشاره کرده و نوشته است: در محل شرقی جبانه کوفه قبه و بارگاه مختار می باشد، اما در طول زمان این بارگاه به صورت متروک و غریب باقی ماند و بنای آن مندرس شد. با این همه، خداوند دل های آگاه اولیای خود را متوجه آن مزار کرد و همین امر سبب شد، برخی بزرگان نسبت به جست و جو و تحقیق در مورد قبر مختار، صحت اصالت و انتساب آن به او همت گمارند.
گفته شده سید مهدی بحرالعلوم در زمان خود به جست وجو و آشنایی با آثار و محراب های مسجد پرداخت. سید در آن زمان ترجیح داد، مسجد کوفه با خاک مدفون شود. چرا که زمین مسجد پایین تر از دیگر سرزمین های منطقه بود و در نتیجه، آب های سطحی در آن جریان پیدا می کرد، پیرو دستور آیت الله بحرالعلوم، زمین مسجد کوفه که عمق آن مساوی مقام پیامبر صلی الله علیه وآله وسلم و خانه حضرت نوح بود با خاک پاک پر شد تا از آلودگی ها در امان نگه داشته شود. سپس در جای همان محراب ها بر روی خاک محراب های جدید ساخته شد همان گونه که اکنون هم نمایان است.
در زمان بررسی ها و جست وجوی آثار مسجد که از طرف سید و جمعی از علما صورت گرفت، سید قبر پنهان شده ای را پیدا کرد و جایگاه آن قبر انتهای راهرو در زیرزمین و به طرف خارج مسجد به سمت قصرالاماره بود و بر آن قبر سنگی یافتند که بر آن اسم و لقب مختار نوشته شده بود.
پس از یافتن قبر، «محسن الحاج عبود شلاش» ساختن حرم جدید و بزرگی برای مختار را بر عهده گرفت و آن را به رواق حرم حضرت مسلم از سمت جنوب ملحق کرد و برای قبر پنجره ای آهنین قرار داد و درب راهرو که در حجره ای در کنج مسجد کوفه قرار داشت را مسدود کرد. علامه شیخ عبدالحسین تهرانی از شاگردان برجسته صاحب جواهر و وصی امیرکبیر، وقتی برای زیارت عتبات عالیات وارد عراق شده بود، نسبت به تعمیر و تجدید بنای مزار مختار همت گماشت. آستان مختار در حرم مسلم بن عقیل واقع شده و هر دو، بنای مشترکی دارند. در سمت قبله، متصل به مسجد، ضریحی از چوب روی قبر او نصب شده و پنجره ای در زاویه شرقی به دیوار مسجد کوفه (سمت جنوب) باز می شود. قطعه سنگی از قرن دوم هجری به خط کوفی دارد که روی آن نوشته اند: «هذا قبر مختار بن ابی عبیده الثقفی الآخذ بثارات الحسین»
علامه امینی راجع به زیارتنامه مخصوص مختار می نویسد: او در بزرگی و عظمت به مقامی نائل شد که شیخ عالیقدر شیعه شهید اول در کتاب «مزار» خود زیارتی خاص برای او نقل کرده است و در آن به رستگاری و پاکی و خیراندیشی او در مورد ولایت اهل بیت علیهم السلام و اخلاص و اطاعت از خدا و محبت به امام سجاد علیه السلام و خشنودی رسول خدا صلی الله علیه وآله وسلم و امیرالمومنین علی علیه السلام تصریح شده است: «و انه بذل فی رضا الائمه و نصره العتره الطاهره و الآخذ بثارهم» این زیارتنامه نشان از این دارد که مزار مختار از قدیم الایام مورد توجه شیعیان و علما بوده است.
اکنون زیارت نامه ای بر سر مزار او وجود دارد که متن آن چنین است:
«السلام علیک یا مسر محمد المصطفی، السلام علیک یا مسر علی المرتضی، السلام علیک یا مسر فاطمه الزهراء، السلام علیک یا مسر الحسن المجتبی السلام علیک ایها الآخذ بثأر الحسین الغریب و الشهید الکربلا السلام علیک یا من ادخل السرور علی الائمه الاطهار و الابرار السلام علیک یا ابا اسحاق المختار. .. السلام علیک یا محارب الکفره و الفجار علیه اللعنه و سوءالدار السلام علی من ترحم علیه الامام زین العابدین اذ قال رحم الله المختار فانه رحم الله المختار فانه بنی دورنا و اعش ایتامنا السلام علی من ترحم علیه الامام الباقر اذ قال رحم الله المختار فانه ما فرحت و لا ابتهجت هاشمیه و لا ادخل سرور علی بیت علوی حتی ارسل المختار براس عبید الله ابن زیاد و براس عمر بن سعد الی المدینه السلام علی من ترحم علیه الامام الصادق فرحمک الله ایها المختار و حشرک الله مع الابرار و الائمه الاطهار و جعلنا و ایاک من الطالبین ثار الحسین یوم ینادی المنادی یا لثارات الحسین لعن الله من قتلک و من سعی بقتلک و سلام الله علیک و علی المستشهدین بین یدیک من الصالحین و المومنین»
منبع:
1- سایت مسجد کوفه
2- کتاب ماهیت قیام مختار، اثر سید ابوفاضل رضوی اردکانی